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1991---经国家编委批准，由原国家科委（现科技部）与广东省人民政府和深圳市人民政府联合创办，原国家科委常务副主任李绪鄂任首任院长。
1992---国家科委批准成立中国科技开发院11个分院和专业开发所。
1995---联合中国航天工业总公司701所、605所成立“中国科技开发院地效飞行器开发中心”。
1998---实行属地管理，划转为深圳市人民政府直属事业单位。
1999---深圳市原副市长郭荣俊兼任中国科技开发院第二任院长。
2003---负责承办组建“深圳国家863”计划产业化促进中心。
2006---整体转制为国有企业。
2007---申长江任党委书记、院长、法定代表人。
2008---经国家工商总局核准，注册为国有独资企业，登记名称为“中国科技开发院有限公司”。
2009---成立中国科技开发院咨询委员会。
2010---深圳总部园区荣获国家级科技企业孵化器资质。
2013---全资子公司深圳市中科孵化创业投资有限公司正式运营。
2014---成功举办创新南山2014“创业之星”大赛。
2015---东莞、宜昌、南京等基地开始运营。
2016---工信部授予“国家小型微型企业创业创新示范基地”&“2016全国中小企业创业创新服务优秀案例”奖。
2017---杨斌任党委总支书记、院长、法定代表人。
2019---株洲、青岛、益阳、东营、济南等基地开始运营，全国孵化网络逐步形成。
2020---深圳市资本运营集团有限公司增资1.5亿元支持我院产业。
2021---9月19日隆重举办建院三十周年庆典；11月经上级党组织批准，成立中共中国科技开发院有限公司委员会和纪律检查委员会。
2022---中孵资本在管基金5支，新增北京朝阳基金并完成签约，总认缴基金规模13.86亿元。