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1991年8月7日，国家人事部批文同意成立中国科技开发院。国家科委副主任李绪鄂任首届院长。
1992年4月12日，中国科技开发院第一届理事会成立，国家科委文卫委员会副主任李绪鄂任理事长；国家科委副主任徐冠华、广东省副省长卢钟鹤、深圳市副市长朱悦宁任副理事长；广东省科委主任梁湘、深圳市科技局局长郝春民、国家科委委员陈祖涛、广东省佛山市副市长李肇杰、中国科技开发院副院长王德魁、李连和任理事。
1992年10月24日，国家科委批准成立中国科技开发院11个专业开发所：计算机与人工智能开发所、软件工程开发所、环保技术开发所、生物工程开发所、化工开发所、石油化工开发所、医药科技开发所、医疗器械开发所、中医重要开发所、轻纺科技开发所、自动化技术开发所。
1992年10月，成立中国科技开发院珠海分院。
1993年3月，成立中国科技开发院惠州分院。
1993年5月，成立中国科技开发院中山分院及试产中心。
1993年5月，召开中国科技开发院第一届理事会第二次会议。
1994年1月，成立中国科技开发院海南科技创业中心。
1994年5月，召开中国科技开发院第一届理事会第三次会议。
1994年8月，成立中国科技开发院威海分院。
1994年11月，成立中国开发院广西分院。
1994年12月，成立中国科技开发院新会创业中心。
1995年1月，召开中国科技开发院第一届理事会第四次会议。
1995年6月28日，成立中国科技开发院党委，选举产生第一届委员会。
1995年8月，成立中国科技开发院浙江分院。
1995年10月，在首任院长李绪鄂亲自主持下，中国科技开发院联合中国联合中国航天工业总公司701所、中国航空工业总公司605所成立了“中国科技开发院地效飞行器开发中心”，两院院士顾诵芬任技术总顾问，崔尔杰院士、宋明德研究员任总设计师。
1996年4月，成立中国科技开发院芜湖分院。
1996年4月，成立中国科技开发院佛山分院。
1996年6月16日，召开中国科技开发院第一次党员大会。
1996年12月，成立中国科技开发院建筑幕墙开发测试中心。
1997年3月，召开中国科技开发院第一届理事会第五次会议。
1997年12月，成立中国科技开发院江苏分院。
1997年，地效中心与俄罗斯权威技术设计单位签订了独家合作开发大型地效飞行器的协议书，开始了大型地效飞行器“海豚K”的研制。
1998年11月，中国科技开发院整体划归深圳市政府领导管理。
1998年11月，开发出我国第一架实用型地效飞行器——天翼一号。
1999年3月，成立中国科技开发院西南船舶工程分院。
1999年4月，成立中国科技开发院云南分院。
1999年6月，中国科技开发院配套服务楼建成投入使用。
1999年6月，天翼一号通过中国船级社的检验，取得交通运输部批准的运营许可证，成为我国和世界上首架（40吨以上）投入商业运营的地效飞行器。
1999年10月，第一届高交会地效飞行器参展。
1999年10月6日，第一届高交会期间，国务院副总理吴仪参观地效飞行器。
1999年10月6日，中国科技开发院和新加坡亿胜投资集团签署战略合作协议，在深合资建立高科技企业孵化中心、高科技风险投资公司、医药科技发展公司。
1999年12月，郭荣俊副市长兼任中国科技开发院第二任院长。
2000年1月，中国科技开发院与香港时富投资集团有限公司结成战略性联盟。由中国科技开发院负责发掘具商业价值的科研项目，时富集团负责引入境外投资资金，集双方优势以促进中国高新技术发展。
2000年6月，中国科技开发院和广东旭飞集团合资成立中科旭飞科技投资有限公司，投资3亿元。
2000年9月，广州经济技术开发区建设开发总公司联合广州市君华投资有限公司等企业组成投资方，与中国科技开发院就地效飞行器项目产业化事宜达成合作协议，组建广州天象地效飞行器股份有限公司，注册资金1亿元。